生物学やゲノム解析を学び始めると、「RNA-seq」と「SBS法」という言葉が登場します。しかし、この2つは同じレベルの概念ではありません。そのため、「RNA-seqの後にSBS法を行うの？」「RNA-seqの中にSBS法が含まれるの？」と混乱する人も少なくありません。本記事では、RNA-seqとSBS法の関係を初心者にもわかるように解説します。
まずRNA-seqとは何か
RNA-seq（RNA sequencing）は、細胞の中でどの遺伝子がどれくらい働いているかを調べるための解析手法です。
簡単に言うと、細胞の中にあるRNAを読み取り、「どの遺伝子が発現しているか」を調べる技術です。
例えば、病気の細胞と正常な細胞を比較して、どの遺伝子の働きが変化しているかを解析する際によく利用されます。
SBS法とは何か
SBS法（Sequencing By Synthesis）は、DNA配列を読むためのシーケンス技術の一種です。
現在広く使われているIllumina社の次世代シーケンサーでは、このSBS法が採用されています。
DNAの複製反応を利用しながら、一塩基ずつ読み取って配列を決定する仕組みです。
| 項目 | 役割 |
|---|---|
| RNA-seq | RNAを解析するための実験・解析手法 |
| SBS法 | DNA配列を読むためのシーケンス技術 |
RNA-seqとSBS法の関係
結論から言うと、RNA-seqの中でSBS法が利用されることがあります。
RNA-seqは解析全体の名前であり、SBS法はその過程で使われる読み取り技術の一つです。
つまり、「RNA-seqという大きな作業の中で、配列を読む工程にSBS法が使われる」というイメージが最もわかりやすいでしょう。
具体例で考えるとわかりやすい
本を電子化する作業に例えてみましょう。
- RNA-seq＝本の内容を調査してデータ化するプロジェクト全体
- SBS法＝文字を読み取るためのスキャナー
プロジェクト全体がRNA-seqであり、その中で実際に文字を読み取る機械がSBS法に相当します。
そのため、RNA-seqとSBS法は競合する概念ではなく、役割が異なる言葉なのです。
RNA-seqの一般的な流れ
RNA-seqでは通常、次のような流れで解析が進みます。
- 細胞からRNAを抽出する
- RNAをcDNAに変換する
- シーケンスライブラリーを作製する
- SBS法などの技術で配列を読む
- データ解析を行う
この流れを見ると、SBS法はRNA-seqの途中で利用される技術であることがわかります。
試験やレポートでよく問われるポイント
試験ではRNA-seqとSBS法の違いを整理して理解しているかが問われることがあります。
RNA-seqは「何を調べるか」、SBS法は「どうやって読むか」という違いを覚えると理解しやすくなります。
この区別ができれば、多くの問題に対応できるでしょう。
まとめ
RNA-seqはRNAの発現を解析するための手法全体を指します。一方、SBS法はDNA配列を読み取るためのシーケンス技術です。
したがって、「RNA-seqの後にSBS法がある」というよりも、「RNA-seqの過程の中でSBS法が使われることが多い」と考えるのが正確です。RNA-seqが大きな枠組みであり、SBS法はその中で利用される重要な技術の一つと理解すると整理しやすくなります。
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